Заветным желанием преподобного Дионисия Радонежского было возведение храма во имя славного пророка Божия Илии возле стен Свято-Троицкой Сергиевой Лавры. Это желание осуществилось лишь после снятия осады Лавры в 1610 г.
Церковь разбирали, снова строили, она пострадала от пожара...В 1760-х гг. началось строительство каменной церкви, в которой и сегодня ежедневно совершаются богослужения.
Храм расписали знаменитые мастера артели Ивана Малышева, старосты храма 1840 по 1880 гг. Он расписал пятиярусный иконостас, иконостасы приделов в честь Иверской иконы Богородицы и во имя святителя Димитрия Ростовского, стены и своды храма.
В советское время храм Илии Пророка единственный в городе не был закрыт и не подвергся разорению.
В этом храме возносили свои молитвы оставшиеся в живых монахи Лавры.